メインとなるストーリーモードは、全18ミッションが用意されている。前作では分岐ルートがあり複数のエンディングが存在したが、今回はシンプルな一本道の構成。PS2では初のエースコンバットということもあり、過去作と比べてボリュームは控えめであるものの、ミッションの間に流れるショートムービーは本作の魅力を大きく引き立てている。そのほか、画面分割による2P対戦モード、難易度の高い5つのミニゲームが楽しめるトライアルモードも遊ぶことができる。