本作に登場する全27のプレイアブル機体は全て架空機体。その多くは実在機を改修してコフィン化したもので、コックピットまわりのデザインなどが実在機と異なっている。また、Rナンバーと呼ばれる完全オリジナル機体は、海洋生物をモチーフとしたものが多い。他のシリーズとは異なり、機体の売買はできず所属先から配備されるシステム。また、ミッションによって出撃できる機体が制限されることも多い。なおX-49は別売りのアペンディスクを購入すれば使用可能だ。