ニューコムのナノテクノロジー研究所で緊急事態が発生した。建設作業用に大量配備されていた実験中のナノバイトが原因不明の暴走を起こした。現在も増殖を続けており、非常に危険な状態である。ただちに対処しなければならないが、目標のナノバイトは微小で、目視する事ができない。今回はナノバイトをレーダーで探知し、中和剤アンチナノバイトボム（ANB）を投下、駆除するのが任務である。

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　ここでは機体の選択はできるが、武装はANBしか使用できない。マップ上には大きく3つのエリアに、各8箇所（合計24箇所）の汚染部分がある。これにANBを投下して回るのが今回の仕事。ANBはロックオンによる誘導は効かないが、着弾予想ポイントは表示されるので、それを目安に投下すればよい。なお、ドーム状の建物に接近すると、ナノバイトに侵蝕されてダメージを受けてしまう。上空を飛んだり、接近しすぎないよう注意。達成度Aランクは4分30秒未満でミッションクリア（2次ミッション含む）が条件。前半のナノバイト駆除は、概ね4分前後でクリアするのが理想だ。ただし、ひとつひとつ破壊していたら時間が足りない。ANBは着弾点から一定範囲にダメージ判定があるので、ナノバイトを頂点とした三角形の中心に投下し、3箇所まとめて破壊すると効率がよい。

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　全て破壊すると、レナが侵蝕を受けるムービーが入る。2次ミッションでは、飛行中のレナに直接ナノバイトを投下しなければならない。レナはある程度真っすぐ飛んでくれるので、まずはギリギリまで接近しよう。一度外すとリロードに時間がかかるので、むやみに遠くから撃つより、200フィート以下まで接近して当てるのが確実だ。