本作最大の特徴は、プレイヤーはストーリーの途中で自らの所属先を変えられることにある。最初はUPEOのSARFに所属しているが、行動によってゼネラルリソースやニューコムに移籍できる。物語終盤にはクーデター組織ウロボロスへと鞍替えすることも可能で、全5つのエンディングが用意される。このため、ミッション数は全52にも上る。また、プレイヤーは3つのアカウントを持つことができ、1つのアカウントにつき6つのセーブデータを保持できる。アカウント内の進行度は共通となっており、同一アカウント内で全てのエンディングに達すると、真のエンディングを見ることが可能。ミッションの分岐点ではセーブデータを残しておき、全ミッションを制覇しよう。