ゼネラルとニューコムそれぞれから分岐するため、2つのシナリオが存在するウロボロスルート。ゼネラルが5ミッション、ニューコムが4ミッションで構成され、いずれもストーリー後半の山場を演出する。ディジョンやシンシアが僚機となり、機体はXFA-36AやR-103とそれぞれ1種類しか選べない。ウロボロスルートは基本的に大きな分岐はないものの、「THE ORIENTATION」のみプレイヤーの行動によって次のミッションをスキップする。ここはセーブデータを残しておこう。